根治生殖器疱疹病毒需严格遵循医生指导，通过口服及外用药物等方式进行治疗，且治疗期间不可擅自停药。具体如下：
一、口服药物：这通常是由感染水痘-带状疱疹病毒引起，会使患者生殖器部位出现水疱并伴有显著疼痛。可口服抗病毒药物来治疗，常用的有盐酸阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等。盐酸阿昔洛韦片是一种合成的嘌呤核苷类似物，主要用于单纯疱疹病毒所致的各种感染。盐酸伐昔洛韦片在体内可迅速转化为阿昔洛韦，发挥抗病毒作用。
二、外用药物：可配合在水疱部位涂抹相关药物，比如泛昔洛韦乳膏、阿昔洛韦乳膏等。如果患者的水疱已经破裂，必要时可配合涂抹红霉素软膏、夫西地酸乳膏等药物，以防出现感染。泛昔洛韦乳膏主要成分是泛昔洛韦，对病毒有抑制作用。阿昔洛韦乳膏的主要成分是阿昔洛韦，可用于单纯疱疹或带状疱疹感染。红霉素软膏主要成分是红霉素，可起到抗菌消炎的作用。夫西地酸乳膏的主要成分是夫西地酸，能抑制细菌蛋白质合成。
总之，生殖器疱疹病毒患者应及时就医，只有严格按照医生指导用药，才有可能达到根治的效果。