肺栓塞的治疗方法需根据患者具体情况选择，一般来说，抗凝治疗是基础且常用的方法，约80%以上的肺栓塞患者可通过规范抗凝治疗控制病情。
抗凝治疗为主
普通肝素：通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性发挥抗凝作用，需密切监测凝血功能，一般静脉给药，起效快，但半衰期短。低分子肝素：生物利用度高，半衰期长，皮下注射即可，无需频繁监测凝血，是临床常用的抗凝药物，如达肝素钠等。
溶栓治疗情况
适用人群：对于大面积肺栓塞，即有明显呼吸困难、胸痛、低氧血症等症状，且超声心动图显示右心室运动功能减退的患者，可考虑溶栓治疗。一般发病14天内进行溶栓可能获益，但需严格评估出血风险。常用溶栓药物：尿激酶、重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）等。尿激酶可直接激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓；rt-PA选择性地激活血栓中的纤溶酶原，溶栓效果较好，但出血风险相对需关注。
手术治疗情况
外科血栓切除术：仅适用于少数高危肺栓塞患者，如经积极内科治疗无效，且有溶栓禁忌证的情况。手术风险较高，并发症较多。介入取栓：包括导管溶栓、经导管血栓抽吸术等。对于一些适合的患者，可作为手术治疗的选择，相对于外科血栓切除术，创伤较小，但也有一定的操作风险和适应证要求。比如对于近端大血管的血栓，部分患者可通过介入取栓改善症状。