神经性肠胃功能紊乱的药物治疗需根据不同症状来选择。一般来说，常用的药物有调节胃肠动力的药物、调节精神情绪的药物等。比如，马来酸曲美布汀可以调节胃肠运动节律，改善患者的腹胀、腹痛等症状；而对于伴有明显焦虑、抑郁情绪的患者，可能会用到抗抑郁焦虑的药物，像阿米替林等，但这类药物需要在医生严格评估后使用。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解神经性肠胃功能紊乱引起的腹胀、早饱等症状。它主要是通过阻滞多巴胺受体，增强胃蠕动。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可改善功能性消化不良、神经性肠胃功能紊乱导致的消化不良症状，它能选择性地促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠蠕动。
调节精神情绪的药物
氟哌噻吨美利曲辛： 对于伴有焦虑、抑郁情绪的神经性肠胃功能紊乱患者有一定作用，它是由两种成分组成的复方制剂，能改善患者的情绪状态，进而缓解肠胃不适症状。但需要注意，严重心脏疾病、闭角型青光眼等患者禁用。帕罗西汀： 属于选择性5 - 羟色胺再摄取抑制剂，可用于治疗伴有抑郁情绪的神经性肠胃功能紊乱，能调整患者的情绪，不过使用时要注意可能出现恶心、口干等不良反应，而且肝肾功能不全者需慎用。
对症治疗的辅助药物
益生菌类药物： 如双歧杆菌四联活菌片，它可以调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，对于神经性肠胃功能紊乱引起的肠道功能紊乱有一定的辅助治疗作用。一般来说，它对人体没有明显的毒副作用，但在保存时要注意冷藏。消化酶制剂： 像复方消化酶胶囊，当神经性肠胃功能紊乱患者出现消化不良症状时，可以服用，它能补充消化酶，帮助消化食物，缓解腹胀、食欲不振等情况。不过，急性胰腺炎患者禁用。