龟头起水泡的原因主要有以下几种情况：
一、单纯疱疹病毒：单纯疱疹病毒在人群中的感染极为普遍。初次感染时，多为隐性感染，往往无显著症状，而少数为显性感染，常见临床表现是黏膜或皮肤局部出现疱疹。初次感染后大多会转为潜伏感染，受到外界刺激后可引发复发。其传染源为患者和带毒者，传播途径为直接接触或性接触，病毒可通过破损皮肤、黏膜来启动感染。
二、细菌感染：常见于大肠埃希菌或金黄色葡萄球菌感染。其临床表现为阴茎头部有瘙痒感、灼痛感、肿胀、红斑、龟头水泡以及皮肤破溃，且多数伴有包皮垢增多现象。可通过提取分泌物涂片来确定感染类型，并据此选择敏感的治疗药物。如果是由包皮过长或者包茎所引起的包皮龟头炎，需在炎症控制好后进行包皮环切术，这样可避免其反复发作。
三、滴虫感染：表现为龟头上起丘疹和红斑，逐渐扩大且边缘清楚，红斑上可见针头大小的小水疱，最后形成糜烂面。滴虫感染通常是因配偶患有阴道滴虫病而被传染。治疗时要夫妻同治，常采用抗滴虫药物甲硝唑。
总之，当龟头出现水泡时，要及时明确原因，并采取相应的治疗措施。