静脉窦血栓的病情通常较为严重。静脉窦指的是脑内特殊的静脉性结构，即硬脑膜窦，由硬脑膜两层在特定部位分开形成，有类似静脉的内皮细胞覆盖，是静脉血回流通道，但缺乏平滑肌组织和静脉瓣膜结构。其病情严重的原因主要有两个方面。
一、部位重要。硬脑膜静脉窦处于头颅关键部位，静脉窦血栓形成会导致血液循环受阻，这关系到大脑神经中枢。血栓形成后会使脑组织内静脉血淤滞，引起脑组织肿胀，而颅内空间有限，很快会导致颅内压增高，存在脑疝发生的可能；同时，由于静脉回流受阻，动脉供血也不能良好进行，大脑容易陷入缺血状态，若不及时解决，会严重影响脑功能，引发偏瘫、失明、失语甚至死亡，据相关文献报道死亡率高达82%。
二、原发因素棘手。诱发静脉窦血栓形成的因素很可能与颅内感染、自身免疫性疾病等相关，这些涉及颅内的疾病不仅治疗不易，还极易导致脑组织的结构或功能受损，故而相当棘手。
总之，静脉窦血栓因其特殊的结构、重要的部位以及棘手的诱发因素，使得其病情往往比较严重，需要高度重视和及时有效的治疗。