藿香正气水不能治疗灰指甲。灰指甲是由真菌感染甲板或甲床引起的疾病，而藿香正气水主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒、呕吐、腹泻等症状。
治疗灰指甲通常需要使用抗真菌药物，如外用的阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等，或口服的伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等。具体的治疗方案应根据灰指甲的严重程度、患者的健康状况等因素而定。在使用抗真菌药物时，需要遵循医生的建议，按时用药，并注意药物的副作用。
此外，保持指甲的清洁和干燥、避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品、穿透气的鞋子等也有助于预防灰指甲的传播和复发。
如果您怀疑自己患有灰指甲，建议及时就医，进行相关检查和诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，不要自行使用偏方或药物治疗，以免延误病情。