尖锐湿疣目前主要有药物治疗、物理治疗、手术治疗这几种方案。但因患者个体具体状况各异，所以不存在公认的最佳通用治疗方式。
一、药物治疗：患者可在家中依据医嘱使用局部治疗药物，可选择的药物包括0.15%或0.5%鬼臼毒素乳膏或凝胶制剂、3.75%或5%咪喹莫特乳膏、10%或15%赛儿茶素软膏。这几种药物是被公认的首选治疗药物，在国内较为常用的是咪喹莫特乳膏，其次是鬼臼毒素。其中，鬼臼毒素乳膏或凝胶制剂通过抑制人乳头瘤病毒（HPV）感染所导致疣状增殖的上皮细胞的分裂和增生，使之坏死脱落，起到治疗作用；咪喹莫特乳膏通过诱导机体产生细胞因子，进而激活免疫细胞来发挥抗病毒作用；赛儿茶素软膏则可通过抑制病毒的复制来发挥疗效。
二、物理治疗：这是通过清除皮损来实现治疗目的，常见的物理疗法有激光治疗、冷冻治疗、电离子治疗、电灼/电凝治疗以及微波治疗等。激光治疗利用激光的热效应直接破坏疣体组织；冷冻治疗通过低温使疣体组织坏死脱落；电离子治疗、电灼/电凝治疗利用电流产生的热效应破坏疣体；微波治疗则是以微波的热效应来消除疣体。
三、手术治疗：若为巨大尖锐湿疣，且药物治疗和物理治疗都无效时，可选择手术切除进行治疗。
总之，患者应及时前往医院，在医生指导下结合自身实际情况来挑选最为适宜的治疗方案。