新生儿先天性心脏病的症状表现多样，部分患儿可能在出生后不久就出现一些明显迹象。比如，约1/3的重症先天性心脏病新生儿在婴儿期（1岁以内）就会出现喂养困难，表现为吸吮无力，吃奶时容易疲劳、出汗，体重增长缓慢。
皮肤颜色异常表现
口唇、甲床发紫： 这是比较常见的症状之一。当新生儿存在先天性心脏病时，心脏供血供氧出现问题，导致血液中氧含量降低，就会使口唇、甲床等部位呈现青紫颜色。尤其是在新生儿哭闹、活动后，这种发紫现象往往会更加明显。全身皮肤苍白： 有些患有先天性心脏病且伴有心功能不全的新生儿，可能会出现全身皮肤苍白的情况。这是因为心脏泵血功能减弱，全身组织器官供血不足，导致皮肤色泽改变。
呼吸方面的症状
呼吸急促： 新生儿正常呼吸频率在40 - 60次/分钟左右，如果患有先天性心脏病，可能会出现呼吸急促的情况，呼吸频率明显超过正常范围。例如，有的新生儿呼吸频率能达到80次/分钟以上，而且呼吸比较费力，可能会伴有鼻翼扇动。反复呼吸道感染： 由于心脏结构异常，影响了肺部的血液循环，新生儿的肺部容易淤血，抵抗力下降，就容易反复发生呼吸道感染，表现为咳嗽、咳痰、发热等症状，且不容易痊愈。
生长发育方面的症状
体重不增： 先天性心脏病会使新生儿身体代谢处于异常状态，机体消耗增加，而摄入的营养物质不能满足身体正常生长发育的需求，从而导致体重增长缓慢甚至不增长。一般来说，正常新生儿在出生后的前几个月体重会稳步增长，如果新生儿体重连续几周甚至几个月都没有按照正常速率增长，就要警惕先天性心脏病的可能。发育迟缓： 除了体重不增，部分患有先天性心脏病的新生儿还可能出现发育迟缓的情况，包括身高增长缓慢、运动能力发育落后等。比如，正常新生儿3个月左右就能抬头，而患有先天性心脏病的新生儿可能到4个月甚至更晚才能达到相应的发育水平。