阴茎根部长小水泡很痒可能是由生殖器疱疹、湿疹、毛囊炎等原因导致。
一、生殖器疱疹：这主要是由病毒感染引起。其典型表现就是在阴茎根部等部位出现小水泡，同时伴有疼痛和瘙痒感。针对这种情况，可遵医嘱使用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等药物进行治疗，这样能较好地控制病情。
二、湿疹：湿疹的发生通常与遗传因素或过敏性因素相关。当湿疹出现在阴茎根部时，也会形成一些小疱疹样的皮损，进而有水泡出现，并且会伴随瘙痒和疼痛症状。对此，一般需要遵医嘱服用氯雷他定片以及盐酸西替利嗪片等药物来改善。
三、毛囊炎：主要因细菌感染而引发。在阴茎根部出现毛囊炎时，会导致局部产生炎症反应，可能会长出小丘疹或者水泡，同时会引起瘙痒或疼痛感觉。治疗上可外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物。
总之，当阴茎根部长小水泡且很痒时，可能是上述多种情况导致，应及时就医，明确具体原因后进行针对性的治疗。