肾结石的治疗方法需根据结石大小、位置等因素选择，一般来说，直径小于0.6厘米的肾结石，约有50%的患者可通过大量饮水、适当运动等方式自行排出。
药物治疗辅助
止痛药物：当肾结石引起疼痛时，可使用非甾体抗炎药，如布洛芬，能缓解疼痛和炎症，但要注意胃溃疡患者需谨慎使用。还有阿片类镇痛药，如哌替啶，适用于剧烈疼痛，但可能会引起恶心、呕吐等副作用。溶石药物：对于尿酸结石等特定类型的结石，可使用枸橼酸氢钾钠等药物，它能碱化尿液，促进尿酸结石溶解，但起效相对较慢，一般需要连续服用数周甚至数月。
体外冲击波碎石
适用情况：适用于直径在0.6~2厘米之间的肾结石。体外冲击波碎石是利用高能冲击波聚焦后作用于结石，将结石击碎成小块，使其随尿液排出体外。优势：创伤较小，患者恢复相对较快，不需要住院，在门诊即可进行。但可能需要多次治疗才能将结石完全粉碎，而且对于一些质地坚硬的结石，碎石效果可能不理想。
手术治疗
输尿管镜取石术：适用于中下段输尿管结石以及一些较小的肾结石。医生通过尿道插入输尿管镜，找到结石后用激光等将结石击碎并取出。这种手术创伤比开放手术小，但对于一些复杂位置的结石可能操作有一定难度。经皮肾镜取石术：适用于较大的肾结石，如直径大于2厘米的结石。医生通过腰部穿刺建立通道，进入肾脏后用肾镜找到结石并取出。该手术取石较彻底，但相对来说创伤较大，术后恢复时间较长，可能会出现出血、感染等并发症。