治灰指甲比较有效的方法有外用药物治疗、口服药物治疗以及手术治疗等。一般来说，外用药物治疗相对较安全，但疗程可能较长，而口服药物治疗效果相对更快些，但需要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
局部涂抹抗真菌药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它可以渗透进甲板，抑制真菌生长。一般每周使用1 - 2次，连续使用几个月。不过使用时要注意，涂抹前要先将病甲尽量修薄，这样能让药物更好地发挥作用。复方苯甲酸酊：它有一定的抗真菌作用，能抑制真菌生长。使用时用棉签蘸取药液涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次。但要注意，皮肤有破损的地方不能用，以免刺激皮肤引起不适。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种常用的抗真菌口服药，采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用几个月。它能抑制真菌的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。不过服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬：也是口服抗真菌药，一般每天服用一次，连续服用几个月。它可以抑制真菌细胞麦角固醇合成过程中的关键酶，起到抗真菌效果。同样，服用前也需要关注肝功能情况，孕妇和哺乳期妇女要避免使用。
手术治疗
拔甲术：过去常用拔甲术来治疗灰指甲，就是把病甲拔掉。但现在这种方法相对用得少了，因为拔甲后新长出来的指甲也有可能再次被感染。而且拔甲后伤口需要一定时间愈合，期间要注意预防感染，保持伤口清洁干燥。一般适用于单发的灰指甲，并且在拔甲后还需要配合外用或口服抗真菌药物治疗。