在月经第三天同房且没有使用安全套可能会带来以下危害：
1.细菌感染：月经期间，女性的子宫内膜会脱落，子宫颈口也会微微张开，此时同房容易将细菌带入子宫，引起感染。
2.子宫内膜异位症：经期同房可能导致经血倒流，使子宫内膜碎片种植在子宫以外的部位，从而引发子宫内膜异位症。
3.免疫性不孕：经期同房可能会使女性产生抗精子抗体，导致免疫性不孕。
4.盆腔充血：经期同房会使盆腔充血，增加月经量，延长月经周期。
需要注意的是，每个人的身体状况不同，这些危害并非一定会发生。如果出现月经不调、腹痛、白带异常等症状，应及时就医。同时，为了女性的健康，建议在月经期间避免同房。