药流后头疼的原因包括正常现象，也可能与代谢功能问题、药流后大出血等相关。
一、正常现象：临床上用于药物流产的药物一般会有副作用，可能致使患者头疼。这种副作用在不同患者身上表现各异，因个体差异，有些患者对药物较为敏感，头疼也就相对更严重。
二、代谢功能问题：药物进入患者体内后，都需经过肝脏，再经肾脏排出。如果患者肝功能或肾功能出现异常，就会导致药物在体内停留时间延长，从而使药物持续在体内发挥作用，刺激患者中枢神经系统，进而引起药物流产后头疼。
三、药流后大出血：药流后会引发大量出血，进而造成脑供血不足以及身体疲劳，从而导致头疼。
一旦出现药流后头疼的情况，应尽快就诊，让医生明确病因，必要时给予相应治疗。
总之，药流后头疼的原因多样，需及时就医明确并妥善处理。