窦性心律不齐在大部分情况下对健康影响不大，约有60%的健康人可能出现窦性心律不齐，尤其是年轻人更常见。
生理性窦性心律不齐的情况
与呼吸相关的窦性心律不齐：这是最常见的生理性情况，多见于青少年。在吸气时迷走神经张力降低，心率会增快；呼气时迷走神经张力增高，心率会减慢，心率快慢变化随呼吸呈周期性，一般对身体没有不良影响，也不需要特殊治疗。心率变化引起的相对窦性心律不齐：当人体由卧位变为立位时，身体血液循环和神经调节变化可能会出现短暂的窦性心律不齐，通常也不会对身体造成危害，一般在体位稳定后可恢复正常。
病理性窦性心律不齐的影响
心脏疾病相关影响：如果是由冠心病、心肌病等心脏疾病引起的窦性心律不齐，可能会伴有心悸、胸闷等不适症状，严重时会影响心脏的正常泵血功能，导致心输出量下降，进而影响全身各个脏器的血液供应，长期可能会使脏器功能受损。例如冠心病患者出现窦性心律不齐时，可能会加重心肌缺血的程度，使心绞痛发作频率增加。全身性疾病相关影响：像严重缺氧、电解质紊乱（如低钾血症）等全身性疾病导致的窦性心律不齐，会影响心脏的电活动和机械活动协调性。严重缺氧时，心脏的氧供不足，会干扰心脏的正常节律，电解质紊乱会破坏心肌细胞的电生理稳定，可能引发更严重的心律失常，甚至危及生命。
如何判断窦性心律不齐的性质
观察伴随症状：如果窦性心律不齐伴有明显的胸痛、呼吸困难、头晕、黑矇等症状，那病理性因素导致的可能性较大；如果只是单纯的心律不齐，没有其他不适，生理性的可能性大。进一步检查：可以通过24小时动态心电图检查，它能长时间记录心脏的电活动情况，有助于明确窦性心律不齐是持续存在还是偶发，以及与心脏活动和症状之间的关系；还可以进行心脏超声检查，了解心脏的结构和功能情况，帮助判断是否存在心脏本身的病变导致的窦性心律不齐。