眼部扁平疣的去除办法包含物理治疗、药物治疗以及手术治疗。
一、物理治疗：眼部扁平疣一般是由HPV感染导致的，这是常见的病毒性皮肤病，能够通过直接或间接接触进行传播。采取激光或者冷冻等这类物理手段，能够把皮损剥脱，进而达到去除的目标。比如激光治疗，利用激光的高能量光束直接作用于扁平疣组织，使其迅速气化、碳化，从而有效去除疣体；冷冻治疗则是通过低温使疣体组织坏死、脱落。
二、药物治疗：要依据医生的指导使用水杨酸软膏或者维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等药物。水杨酸软膏可以起到软化角质、促进疣体脱落的作用；维A酸乳膏和他扎罗汀凝胶能够调节表皮细胞的生长和分化，有助于消除扁平疣。
三、手术治疗：要是病情较为严重，可采用手术切除的方式进行治疗，以此来实现治疗效果。手术切除比较直接，能精准地去除疣体，但可能会留下一定的疤痕。
在治疗期间要注重眼部的清洁和卫生，防止出现继发感染的情况，并且要按照规定定期到医院进行复查。
总之，对于眼部扁平疣的去除，需要根据具体病情选择合适的治疗方法，并做好相关护理和复查工作。