产后三个月有轻微出血，可能由以下情况引起：
一、子宫收缩不良
1.原因：生产时患者过于紧张，使用了镇静剂、麻醉剂或子宫收缩抑制剂等，影响子宫收缩能力。
2.症状表现：产后子宫收缩不良，宫腔内有残留积血，会出现产后3个月阴道有少量出血，恶露量较多，且伴有腰痛、下腹部坠胀感等。
3.治疗方法：
(1)症状较轻者可通过按摩子宫来加强收缩，单次按摩5-15分钟。
(2)按摩后子宫收缩能力未恢复，可在医生指导下使用促子宫收缩药物，如缩宫素、麦角新碱等，也可在肛门放置米索前列醇或卡孕栓等药物。
(3)若因分娩后子宫腔内有残留物如胎膜或胎盘等导致子宫收缩不良，需及时行清宫手术，术后给予抗生素预防感染。
二、月经来潮
1.情况：孕妇正常生产且未选择母乳喂养，一般在4-6周可恢复月经，产后3个月可能出现月经来潮。
2.症状表现：通常月经量较少，可持续4-5天，无其他不适症状，期间可能出现全身无力、嗜睡、腹部胀痛，甚至情绪不稳定、便秘、失眠、乳房胀痛等现象。
3.处理：产后月经来潮属于正常现象，可暂时先观察。若发生月经失调，需及时到医院进行B超检查并抽血进行性激素六项化验，可在医生指导下使用调经药物治疗，如黄体酮、益母草颗粒、乌鸡白凤丸、桂枝茯苓丸等。
总结提示：产后三个月轻微出血的原因主要有子宫收缩不良和月经来潮，要根据具体情况进行判断和相应处理。