结膜炎反复发作的原因主要有两点：一是患者卫生习惯差，二是治疗不规范导致细菌产生耐药性发展为慢性炎症。
一、结膜炎通常是由细菌等感染引起，结膜富含毛细血管等结构，为细菌等的繁殖提供了良好条件。当患者感染病原体后，如果不注重个人卫生，即使炎症已得到控制，仍可能再次感染。比如患者经常用手揉眼睛，而手可能接触过各种不洁物品带有病菌，这样就容易引发二次感染。
二、患者首次感染后若没有进行规范化治疗，细菌就会对使用的药物产生耐药性。长时间的炎症刺激会使机体产生一定适应能力，当细菌毒力较小时，患者可能没什么不适症状；而当细菌毒力较大时，患者就会表现出症状。比如患者没有遵医嘱按时按量用药，或者随意停药换药，都可能导致细菌产生耐药性，进而使炎症转为慢性且反复发作。
总之，结膜炎反复发作与患者的卫生习惯和治疗规范与否密切相关，患者应注意个人卫生并严格遵循治疗要求，以减少结膜炎的反复发作。