卵巢囊肿通常不会引发显著疼痛，但在如下几种情形时可能会导致疼痛。一、卵巢囊肿出现蒂扭转。即卵巢囊肿如同棒槌，其蒂部发生扭转，因扭转处牵扯到神经、血管，从而会产生较为明显的疼痛。二、卵巢囊肿若破裂，会存在明显的下腹剧痛或撕裂样疼痛。三、此处不一定是卵巢处长了囊肿，有可能是靠近输卵管或其他部位所产生的疼痛。比如阑尾、输卵管或是肠道引发的疼痛，可能会出现类似卵巢囊肿疼痛的情况。四、卵巢囊肿较大时，过大的话会引起压迫症状，进而也会引发疼痛。
一般来说，若囊肿直径小于5厘米，且没有呈现肿瘤的状况，大多属于功能性囊肿，可以多加观察，每2至3个月进行一次检查，再依据实际情况调整检查时间；若囊肿直径大于5厘米，则有可能是卵巢肿瘤，通常需要进行手术治疗。
总之，卵巢囊肿引起疼痛的原因主要有蒂扭转、破裂、其他部位疼痛波及以及囊肿过大产生压迫等，对于囊肿情况需根据其大小和性质等采取不同的处理方式。