小腹疼的原因有多种。比如女性生理期时，约60%-90%的女性在月经期间会有不同程度的小腹疼痛，这是因为经期前列腺素分泌增加，导致子宫收缩引起的。
妇科相关原因
痛经： 除了前列腺素影响外，子宫内膜异位症也可能导致痛经引发小腹疼，子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，这种异位的内膜组织也会随月经周期发生出血等情况，刺激周围组织引起疼痛。盆腔炎： 女性盆腔内的器官发生炎症时也会导致小腹疼，比如盆腔炎多由细菌感染引起，炎症刺激盆腔组织，可出现下腹部疼痛，还可能伴有阴道分泌物增多等症状。
肠道相关原因
肠炎： 饮食不洁等原因可能引发肠炎，导致小腹疼。例如细菌性肠炎，食用被细菌污染的食物后，细菌在肠道内繁殖，引起肠道炎症反应，出现小腹疼痛、腹泻等症状。肠梗阻： 肠道发生梗阻时也会造成小腹疼，像粘连性肠梗阻，多是因为腹部手术等原因导致肠道粘连，使肠道内容物通过受阻，患者会出现小腹阵发性绞痛，同时伴有呕吐、停止排气排便等表现。
泌尿系统相关原因
膀胱炎： 膀胱发生炎症时会引起小腹疼，比如急性膀胱炎，通常是由大肠杆菌等细菌感染所致，炎症刺激膀胱黏膜，可出现小腹疼痛，还可能有尿频、尿急、尿痛等症状。输尿管结石： 输尿管内有结石时会导致小腹疼，结石会刺激输尿管黏膜，引起痉挛性疼痛，疼痛较为剧烈，还可能伴有血尿等症状。