龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，可在医生指导下用药治疗。
一、非感染性原因：
性生活过于粗暴、用力过度摩擦以及局部清洁不充分等都可能导致龟头上出现小水泡，通常疼痛不明显且可自行缓解。
二、生殖器疱疹：
这是由单纯疱疹病毒引发的一种性传播疾病，会使龟头、阴部或肛周出现小水泡，并伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。治疗药物包括：
1.盐酸伐昔洛韦片；
2.阿昔洛韦片；
3.泛昔洛韦片。
三、龟头炎：
通常也会让龟头上有小水泡，甚至还会有糜烂、渗出和出血情况。治疗药物有：
1.盐酸左氧氟沙星胶囊；
2.氟康唑胶囊；
3.伊曲康唑胶囊。
建议治疗期间每天仔细清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动，多休息，不要长时间熬夜和过度劳累。
总之，龟头上出现小水泡要明确原因，然后根据具体情况进行针对性治疗，同时注意治疗期间的相关护理。