男的上小便时痛可能是尿道炎、尿道结石、膀胱炎等原因所致。
一、尿道炎：尿道炎的出现往往和细菌感染有密切关系。比如金黄色葡萄球菌和绿脓杆菌等。当尿液中滋生较多细菌时，可能会对尿道部位形成刺激，进而在排小便时产生疼痛现象。
1.金黄色葡萄球菌：这是一种常见的致病菌。
2.绿脓杆菌：也是引发尿道炎的重要病菌之一。
二、尿道结石：若男性患有尿道结石，在排尿过程中结石位置可能发生移动，划伤尿道上皮从而导致小便疼痛，还有可能引发血尿。
(1)结石移动：这是导致疼痛的直接原因之一。
(2)引发血尿：是常见的伴随症状。
三、膀胱炎：膀胱炎多由细菌感染引起，容易在排尿时出现疼痛，同时可能伴有排尿烧灼感。
1.细菌感染：是主要的致病因素。
2.排尿烧灼感：是常见的表现。
此外，小便疼痛还可能与尿道损伤、尿道异物、肾盂肾炎等因素相关，需要进一步检查和治疗。
总之，男性小便时疼痛的原因多样，应根据具体情况进行准确诊断和合理治疗。