要区别病毒性腹泻还是细菌性腹泻，可以从症状表现、大便性状、实验室检查等方面来判断。一般来说，病毒性腹泻病程多在1周左右，而细菌性腹泻可能会持续较长时间。
症状表现区别
病毒性腹泻： 多为急性起病，全身症状相对明显，常伴有发热，体温一般在38℃左右，还可能有头痛、乏力等表现。腹泻次数相对较多，每天可达十余次甚至更多，但全身中毒症状相对细菌性腹泻较轻。例如轮状病毒引起的腹泻，多见于婴幼儿，起病急，先吐后泻，伴发热。细菌性腹泻： 全身症状相对病毒性腹泻可能稍轻，但局部肠道症状更明显，多有腹痛，腹痛部位多在脐周或下腹部。发热程度相对较高，有的可超过38.5℃，且可能伴有里急后重感（总想排便但排不干净）。比如痢疾杆菌引起的细菌性痢疾，会有明显的腹痛、腹泻、里急后重，大便多为黏液脓血便。
大便性状区别
病毒性腹泻： 大便多为稀水样便，颜色多为黄色或黄绿色，一般没有脓血，大便中白细胞数量通常较少。比如诺如病毒引起的腹泻，大便呈稀水状。细菌性腹泻： 大便性状多样，可能为黏液便、脓血便等。例如大肠杆菌引起的腹泻，大便常为黏液便，显微镜下可见较多白细胞和少量红细胞；痢疾杆菌引起的痢疾，大便多为黏液脓血便，显微镜下可见大量白细胞、红细胞和巨噬细胞。
实验室检查区别
粪便常规检查： 病毒性腹泻患者粪便常规中白细胞数量多在正常范围或轻度增多；细菌性腹泻患者粪便常规中白细胞数量多明显增多，常伴有红细胞。病原学检查： 病毒性腹泻可通过粪便病毒抗原检测等方法找到相应病毒，比如轮状病毒抗原检测阳性等；细菌性腹泻则可以通过粪便细菌培养等方法分离出相应的致病菌，如培养出痢疾杆菌等。