肾结石的主要手术方法包括体外冲击波碎石术、经皮肾镜碎石术、输尿管镜碎石取石术以及开放式手术等。
一、体外冲击波碎石术：该手术需在体外利用B超或X线精准定位肾结石位置，接着对准结石发射冲击波，借助其能量将肾结石击碎，之后通过多喝水，依靠尿液把粉碎后的肾结石排出体外。此术式适用于直径处于5至20毫米且密度较低的肾结石，若肾结石直径较大或者密度较高，手术则容易失败。
二、经皮肾镜碎石术：手术前要先进行麻醉，然后在患者腰部钻出一个直径约5毫米的小孔，将肾镜从操作孔伸入肾盂肾盏内进行碎石操作，最后再把击碎的肾结石从操作孔取出。主要适用于直径大于20毫米的肾结石、多发性肾结石以及体外冲击波碎石失败的肾结石。部分患者术后可能出现感染、出血、肾脏萎缩等并发症，所以术前必须对患者身体状况进行详细评估。
三、输尿管镜碎石取石术：是经尿道置入输尿管镜，使用钳子将肾结石取出。若肾结石较大，也可先用钬激光进行碎石，而后再取出结石。主要适用于直径小于20毫米的中下段输尿管结石、嵌顿性结石、体外冲击波碎石术失败的输尿管上段结石，具有创伤小、恢复快等优点。
四、开放式手术：直接切开肾盂肾盏来取出肾结石。该手术如今已较少采用，其优点是手术视野开阔，缺点是手术创伤极大，仅适用于直径巨大的肾结石、多发性肾结石合并严重梗阻以及其他手术方式治疗失败的肾结石。
总之，肾结石手术方法多样，各有其适用情况和特点，医生会根据患者具体病情选择最适合的手术方式来进行治疗。