隐睾症的发生与多种因素有关。据研究，大约有7% - 10%的早产儿会出现隐睾情况，而足月儿中隐睾的发生率约为1%。
遗传因素相关
基因异常影响： 某些基因的突变可能会导致隐睾症的发生。例如，相关研究发现，一些与睾丸下降相关的基因发生突变时，会干扰睾丸正常从腹腔下降到阴囊的过程。比如DAX1基因等，如果出现异常，就可能影响睾丸的正常位置发育。
内分泌因素影响
促性腺激素缺乏： 促性腺激素是调控睾丸下降的重要激素。如果脑垂体分泌的促黄体生成素（LH）或促卵泡生成素（FSH）缺乏，就会影响睾丸间质细胞分泌雄激素，进而影响睾丸的正常下降。一般来说，当体内促性腺激素水平低于正常范围时，睾丸下降可能受阻。雄激素不足： 雄激素对于睾丸下降起着关键作用。如果胎儿时期雄激素分泌不足，就无法很好地促使睾丸从腹腔向阴囊移动。例如，先天性肾上腺皮质增生症等疾病可能导致雄激素合成异常，从而增加隐睾症的发生风险。
解剖因素相关
鞘状突未闭： 正常情况下，睾丸下降后鞘状突会闭合。但如果鞘状突未闭，腹腔内的液体可能会流入阴囊，影响睾丸正常固定在阴囊内的位置，导致隐睾。据统计，约有部分隐睾患儿存在鞘状突未闭的情况。睾丸引带异常： 睾丸引带对睾丸下降起到牵引作用。如果睾丸引带发育异常，比如过短或者异常附着，就会影响睾丸正常从腹腔下降到阴囊。比如睾丸引带太短，就不能有效地把睾丸牵引到阴囊内合适的位置。