胎儿脑子里有囊肿通常由以下原因导致：
一、如果孕妇在怀孕早期接触到有毒、有害的物质，可能会引起胎儿脑子里有囊肿，同时还可能出现流产、胚胎停止发育等状况，这种情况一般多发生在怀孕三个月内，此阶段是胎儿生长发育的关键时期。
1.孕妇接触不良物质：比如接触化学毒物、放射性物质等，都可能对胎儿发育造成严重影响，包括导致胎儿脑部出现囊肿。
2.可能引发的后果：除了囊肿外，还可能引发流产，使胚胎停止发育，这对胎儿的生命安全构成威胁。
二、在胚胎形成时期，胎儿脑部的脉络丛中毛细血管发生血管瘤样改变，包裹一部分脑脊液，从而形成脉络丛囊肿。
1.形成机制：是由于脑部脉络丛中的血管出现异常变化而形成的。
2.无需过度担心的情况：一般来说这种囊肿会随着时间推移而自行消失。
当胎儿出现脑子里有囊肿时，需要依据具体严重程度进行对症处理。若在怀孕期间进行彩超检查发现胎儿有头部囊肿，需根据实际情况处理。如果囊肿小于一厘米以下，可以暂不处理，定期复查即可。但如果囊肿明显增大，就需要进一步做羊水穿刺以确诊囊肿性质，如果出现染色体异常，则要及时进行引产手术，否则会对以后胎儿的生长发育产生不良影响。
总之，对于胎儿脑子里有囊肿的情况，要密切关注其发展变化，根据不同情况采取合适的处理措施，以保障胎儿的健康发育。