慢性结膜炎的治疗药物需根据病因选择，一般局部用药为主。常见的药物有抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它可用于治疗由敏感细菌引起的慢性结膜炎，能抑制细菌生长。还有人工泪液，像玻璃酸钠滴眼液，可缓解眼部干涩等不适症状，对于因眼表干燥引发的慢性结膜炎有一定帮助，一般一瓶价格在10~30元左右。
抗生素类药物选择
细菌性慢性结膜炎： 常用的有妥布霉素滴眼液，它对多种革兰阳性菌及阴性菌有抗菌作用，能有效杀灭引起细菌性慢性结膜炎的病菌。使用时要注意，点眼时瓶口不要接触眼部，避免污染药液。衣原体性慢性结膜炎： 可选用红霉素眼膏，它对衣原体有较好的抑制作用，夜间睡前使用效果较好，能在眼部停留较长时间发挥作用。
非抗生素类药物选择
抗过敏类药物： 如果慢性结膜炎是过敏因素引起的，如春季卡他性结膜炎，可使用富马酸依美斯汀滴眼液，它能迅速缓解过敏引起的眼部瘙痒、红肿等症状。但过敏体质者使用时需谨慎，要观察是否有过敏反应。非甾体抗炎药： 像普拉洛芬滴眼液，具有抗炎作用，可减轻慢性结膜炎引起的眼部炎症反应，缓解眼部不适。不过，有消化道溃疡病史的患者要慎用。
用药注意事项
遵医嘱用药： 无论是使用哪种药物治疗慢性结膜炎，都必须严格遵医嘱。不能自行增减药量或停药，否则可能影响治疗效果，甚至导致病情反复。例如，使用抗生素类眼药水时，即使症状有所缓解，也不能随意停药，要完成整个疗程。注意眼部卫生： 在使用药物治疗的同时，要注意眼部卫生。要勤洗手，不要用手揉眼睛，避免加重感染或刺激眼部。洗脸毛巾要定期清洗消毒，防止病菌滋生。避免刺激因素： 要尽量避免接触可能引起慢性结膜炎的刺激因素，如花粉、灰尘、烟雾等。在户外活动时，可佩戴防护眼镜。如果是长期使用电子设备导致的慢性结膜炎，要注意控制使用电子设备的时间，避免眼部疲劳加重病情。