新生儿长湿疹的原因较多，其中遗传因素是常见原因之一，如果父母双方有一方曾患过湿疹等过敏性疾病，那么新生儿患湿疹的概率可能会增加，有研究显示约40%的新生儿湿疹与遗传有关。
遗传因素相关
家族过敏史影响： 如果家族中有哮喘、过敏性鼻炎等过敏疾病史，新生儿患湿疹的风险会更高。因为遗传了过敏相关的基因，使得新生儿的免疫系统更容易对一些外界物质产生过度反应，从而引发湿疹。基因易感性： 特定的基因位点与湿疹的发生密切相关，这些基因影响皮肤的屏障功能等，使得新生儿皮肤更容易出现干燥、敏感，进而引发湿疹。
皮肤屏障功能不完善
皮肤薄嫩特点： 新生儿的皮肤比成年人薄很多，角质层发育不完善，皮肤的屏障功能较弱，对外界刺激的抵御能力差。比如在接触到一些摩擦、化学物质等刺激时，就容易受到损伤，引发湿疹。一般新生儿出生后前几个月皮肤屏障功能都相对较弱。保湿能力不足： 新生儿皮肤的保湿因子含量较少，皮肤保持水分的能力较差，容易变得干燥。干燥的皮肤更容易受到外界因素的刺激，从而增加湿疹的发生几率。
环境因素影响
温度湿度变化： 当环境温度过高或湿度过大时，都可能诱发新生儿湿疹。例如在炎热潮湿的天气里，新生儿皮肤容易出汗，汗液刺激皮肤加上环境潮湿，就容易长湿疹。一般环境温度在22~26℃、相对湿度在50%~60%时相对适宜新生儿。衣物材质刺激： 如果给新生儿穿了材质粗糙、不透气的衣物，比如化纤材质的衣物，容易摩擦新生儿皮肤，并且不透气会导致皮肤长时间处于潮湿闷热的环境中，从而引发湿疹。所以应给新生儿选择柔软、纯棉的衣物。