龟头刺痛的原因主要有以下两种：一是龟头炎，二是生殖器疱疹病毒感染。
一、龟头炎：当患者出现细菌性龟头炎时，由于受到溶血性葡萄球菌或表皮葡萄球菌等的感染，会导致龟头表面发生一系列变化。龟头表面容易出现水肿的情况，看起来比正常状态肿胀；还可能会有糜烂的现象，局部表皮破损；甚至会出现表面溃疡，形成创口。在这些症状的影响下，患者会感觉到龟头有明显的瘙痒感或者刺痛感，通常还会伴有少量的分泌物产生。对于龟头炎的治疗，需要遵医嘱进行，一般包括口服药物以及外用抗菌药来综合治疗。
二、生殖器疱疹病毒感染：当遭到生殖器疱疹病毒的侵袭时，患者的局部会出现红疹，随后可能发展为疱疹。当疱疹破裂后，就会形成溃疡面，并且会有局部渗液的情况出现。同时，患者会伴有局部的瘙痒感以及较为强烈的刺痛感。当患者出现龟头刺痛的情况时，必须要及时前往泌尿外科或皮肤性病科进行就诊和治疗。通过相关检查来明确诊断后，配合中成药物以及外用药物进行医治。而且患者在治疗期间绝对不能进行同房行为，也不能饮酒。
总之，当发现龟头有刺痛感时，要尽快就医检查并接受相应治疗，同时要注意治疗期间的一些禁忌事项。