抗甲状腺过氧化物酶抗体高多由自身免疫性甲状腺疾病引起，比如在自身免疫性甲状腺炎患者中，约有 80% - 90%的人抗甲状腺过氧化物酶抗体会升高。
自身免疫性甲状腺炎相关
慢性淋巴细胞性甲状腺炎：这是最常见的导致抗甲状腺过氧化物酶抗体高的原因。患者自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺过氧化物酶被免疫系统识别为外来物质，从而刺激机体产生大量抗甲状腺过氧化物酶抗体。这种疾病在女性中的发病率相对较高，尤其是 30 - 50 岁的女性更为多见。萎缩性甲状腺炎：也属于自身免疫性甲状腺炎的一种类型，同样是因为自身免疫机制紊乱，抗体攻击甲状腺过氧化物酶，导致抗体水平升高。患者可能会逐渐出现甲状腺功能减退的表现，如乏力、怕冷、水肿等。
其他自身免疫性疾病关联
1 型糖尿病：部分 1 型糖尿病患者也可能伴有抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的情况。这是因为自身免疫性疾病具有一定的相关性，身体的免疫系统出现异常激活，影响到甲状腺和胰腺等器官。研究发现，约有 10% - 20%的 1 型糖尿病患者同时存在抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的现象。系统性红斑狼疮等其他自身免疫性疾病：在一些系统性红斑狼疮等更广泛的自身免疫性疾病患者中，也有少数人会出现抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的情况。这是由于自身免疫紊乱涉及多个系统，免疫系统的异常反应可能波及甲状腺，导致相关抗体产生。
与妊娠的关系
妊娠相关性：在妊娠期间，约有 5% - 15%的孕妇会出现抗甲状腺过氧化物酶抗体升高的情况。这可能与孕期自身免疫状态的变化有关。如果孕妇抗甲状腺过氧化物酶抗体过高，可能会增加妊娠相关并发症的风险，如早产、妊娠高血压等，还可能影响胎儿的甲状腺功能发育，所以孕期对于抗甲状腺过氧化物酶抗体的监测很重要。