掌跖脓疱病的治疗方法需综合考虑多种因素，一般可通过外用药物、系统药物等方式进行治疗。通常外用药物治疗是基础手段之一。
外用药物治疗
糖皮质激素药膏： 如卤米松乳膏等，可起到抗炎作用，能减轻局部的炎症反应、缓解脓疱等症状。不过，长期使用可能会有一些副作用，比如皮肤萎缩等，所以要在医生指导下合理使用。维生素D3衍生物： 像卡泊三醇软膏，能抑制角质形成细胞的增殖，对掌跖脓疱病有一定的治疗效果，使用时需注意可能引起局部刺激等情况。
系统药物治疗
维A酸类药物： 例如阿维A胶囊，可调节表皮细胞的分化和增殖，对掌跖脓疱病有一定疗效，但这类药物可能会有一些副作用，如致畸等，所以育龄期男女在用药期间及停药后一段时间内要严格避孕，且使用过程中需定期监测肝功能等指标。免疫抑制剂： 如甲氨蝶呤，具有免疫抑制作用，可用于病情较重的掌跖脓疱病患者，但甲氨蝶呤的使用需要密切监测血常规、肝功能等，因为它可能会引起血液系统抑制、肝损伤等不良反应。
物理治疗
紫外线照射： 窄谱中波紫外线（NB-UVB）治疗是常用的物理治疗方法之一，通过紫外线照射可以抑制表皮细胞的过度增殖和炎症反应，一般需要多次治疗，每周可能需要进行2 - 3次照射，治疗过程中要注意保护正常皮肤，避免过度照射导致晒伤等情况。PUVA治疗： 即补骨脂素联合长波紫外线照射，也可用于掌跖脓疱病的治疗，但需要注意补骨脂素可能引起光敏反应等，治疗前后要做好相关防护措施。