子宫内膜薄主要与多种因素相关。一般来说，子宫内膜薄的主要原因包括以下几方面。
内分泌失调因素
雌激素水平不足： 雌激素对子宫内膜的生长起着关键作用。如果体内雌激素分泌过少，就会影响子宫内膜的正常增殖。例如，在一些内分泌疾病患者中，如多囊卵巢综合征患者，常存在雌激素相对缺乏的情况，进而导致子宫内膜薄。正常情况下，女性体内雌激素有一个相对稳定的周期变化，但内分泌失调时这种平衡被打破。孕激素缺乏： 孕激素主要是在雌激素作用的基础上促进子宫内膜从增殖期转化为分泌期。若孕激素分泌不足，子宫内膜就无法良好地转化，也会出现薄的情况。像一些排卵障碍的女性，往往存在孕激素分泌不足的问题。
宫腔操作损伤因素
人工流产手术： 频繁的人工流产或者刮宫等宫腔操作，很容易损伤子宫内膜基底层。据统计，多次人工流产的女性发生子宫内膜薄的几率明显高于没有宫腔操作史的女性。因为手术过程中可能会过度搔刮宫腔，直接破坏了子宫内膜的基底层，而基底层是子宫内膜再生的重要部分，基底层受损后会影响子宫内膜的修复和生长。宫腔粘连： 宫腔操作后还可能引发宫腔粘连，这也是导致子宫内膜薄的重要原因。宫腔粘连会使宫腔部分或者全部闭塞，影响子宫内膜的正常生长，导致内膜变薄。比如宫腔粘连患者中，很多都有过宫腔手术史。
年龄相关因素
育龄女性年龄增长： 随着女性年龄的增加，尤其是35岁以后，子宫内膜的容受性会逐渐下降，子宫内膜也会逐渐变薄。这是因为随着年龄增长，卵巢功能逐渐衰退，雌激素分泌减少，同时子宫内膜本身的再生能力也会减弱。有研究表明，35岁以上女性发生子宫内膜薄的比例较年轻女性有所升高。围绝经期女性： 围绝经期女性卵巢功能进一步衰退，雌激素水平大幅波动且持续下降，子宫内膜会明显变薄，这是生理上的自然变化过程，子宫内膜薄会影响月经及生育等相关功能。