肛瘘主要有以下症状表现。首先，肛瘘最常见的症状是肛门周围反复流脓，脓液量时多时少，有的患者每天可能有几十毫升的脓液排出，而且脓液的性状可能会因肛瘘的类型不同而有所差异，比如单纯性肛瘘排出的脓液相对较稀薄，而复杂性肛瘘排出的脓液可能伴有坏死组织等。
肛周肿痛
间歇性肿痛：肛瘘发作时常常会出现肛周间歇性的肿痛。一般在肛瘘的内口感染，炎症向周围蔓延时容易引发肿痛，这种肿痛可能会持续数小时到数天不等。当脓液排出后，肿痛可能会暂时缓解，但之后又可能再次发作。红肿表现：在肛门周围相应的肛瘘外口附近会出现红肿的情况，用手触摸时能感觉到局部温度可能会比周围皮肤高一些，外观上可见皮肤发红、隆起。
瘙痒不适
分泌物刺激：由于肛瘘会不断有脓液流出，这些脓液会刺激肛门周围的皮肤，导致患者出现瘙痒不适的感觉。患者会不自觉地去搔抓肛门周围，长期搔抓可能会进一步损伤皮肤，加重不适症状。皮肤变化：长期受到脓液刺激，肛门周围的皮肤可能会变得潮湿、潮红，甚至出现皮肤粗糙、增厚等改变。
全身症状（少见但需关注）
低热情况：当肛瘘发生急性感染时，有可能会引起全身的反应，出现低热症状，体温一般在37.5℃~38℃左右。不过这种全身低热的情况相对比较少见，多发生在肛瘘炎症比较严重的时候。乏力表现：部分患者在肛瘘反复感染、出现全身症状时，还可能会感到乏力，精神状态不如平常，影响日常生活和工作。