川芎在使用时可能存在一些副作用。一般来说，个别人群使用川芎后可能出现胃肠道不适，比如大约有2% - 5%的人会出现胃部不适、恶心等症状。
过敏反应方面
皮肤过敏表现： 少数人使用川芎后可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏情况。如果出现轻度的皮疹，可能表现为皮肤上有散在的红色小丘疹，伴有不同程度的瘙痒感。严重过敏风险： 极少数人可能发生严重过敏反应，如过敏性休克，不过这种情况发生概率极低，大约在百万分之一到万分之几的范围，但一旦发生后果较为严重。
出血倾向方面
鼻衄风险： 有研究显示，部分人在使用川芎后可能出现鼻衄（鼻出血），尤其是本身有凝血功能轻微异常或者正在服用其他可能影响凝血药物的人群，使用川芎后鼻衄发生的可能性相对增加。牙龈出血情况： 也有个别案例报道使用川芎后出现牙龈出血，不过这通常与个体的特殊体质或者用药时的个体差异有关。
对神经系统的影响方面
头痛加重情况： 少数人在使用川芎后可能出现原有头痛症状加重的情况，不过这种情况比较少见。例如本身有偏头痛病史的人，在使用川芎后，约有1% - 3%的人可能出现偏头痛发作频率增加或者头痛程度加重的现象。头晕表现： 还有部分人会出现头晕症状，一般程度较轻，大约占使用人群的1%左右，但也需要引起注意，若头晕症状持续不缓解或者加重，应及时就医。