卵巢黄体囊肿形成的原因主要有以下几方面。首先是正常的生理变化，在排卵后，卵泡壁会塌陷，形成黄体。如果黄体腔内有较多的积液积聚，使腔的直径超过2 - 3厘米，就会形成黄体囊肿。一般来说，这种生理性的黄体囊肿大多会在月经周期结束后自行消失。
与激素水平相关
黄体形成过程中的激素影响： 女性体内的激素水平变化对黄体囊肿的形成有重要作用。在排卵前，促黄体生成素（LH）会达到高峰，促使卵泡排卵，之后形成黄体。如果激素调节出现紊乱，就可能导致黄体腔内液体吸收障碍，从而形成黄体囊肿。比如在一些内分泌失调的情况下，就容易出现这种情况。激素波动的个体差异： 不同女性对激素波动的反应不同。有的女性在排卵后，黄体期激素波动相对明显，就更容易形成黄体囊肿。而有的女性激素波动较小，黄体囊肿发生的几率就相对较低。
与排卵相关的因素
排卵时的卵泡情况： 如果卵泡在排卵时的结构和功能不太正常，那么形成黄体囊肿的可能性就会增加。例如，卵泡壁比较厚，在排卵后塌陷形成黄体时，液体积聚就更容易形成囊肿。多次排卵的影响： 对于有多次排卵情况的女性，比如一些生育期女性，多次排卵后黄体形成的频率增加，也会使黄体囊肿形成的风险相对升高。像有过多次妊娠或者流产经历的女性，排卵次数相对较多，黄体囊肿的发生几率可能会比一般女性高一些。
与疾病或其他病理情况相关
盆腔炎的影响： 盆腔炎等妇科炎症可能会影响卵巢的正常功能，进而影响黄体的形成和吸收。炎症会导致盆腔充血，影响黄体局部的血液循环，使黄体腔内液体吸收受阻，从而促进黄体囊肿的形成。例如，患有慢性盆腔炎的女性，黄体囊肿的发生率可能会比没有盆腔炎的女性高。子宫内膜异位症的关联： 子宫内膜异位症患者的盆腔环境比较特殊，异位的子宫内膜可能会影响卵巢的正常生理过程，干扰黄体的形成和退化，增加黄体囊肿形成的可能性。研究发现，子宫内膜异位症患者中黄体囊肿的发生率比正常人群有所升高。