植物神经功能紊乱的药物治疗需根据具体症状来选择，常用的有调节植物神经功能的药物，比如维生素B1，它能参与神经递质合成，一般成人常用剂量是一次10毫克，一日3次。还有谷维素，可调整自主神经功能，减少内分泌平衡障碍，改善精神神经失调症状，成人常用量是一次10 - 30毫克，一日3次。
调节自主神经功能药物
维生素B1： 属于水溶性维生素，参与体内辅酶形成，对维持神经组织、心肌正常功能有重要作用。一般来说，口服给药时成人一次10毫克，每日3次。需要注意的是，大剂量使用时可能会出现头痛、疲倦、烦躁等不良反应。谷维素： 从米糠油中提取的以三萜醇为主要成分的阿魏酸酯混合物，能调节植物神经功能，改善内分泌平衡障碍。成人常用剂量为一次10 - 30毫克，每日3次。它的不良反应较少，偶有胃部不适、恶心、呕吐、口干、皮疹、乳房胀痛等，但一般停药后可消失。
对症治疗药物
失眠患者： 如果植物神经功能紊乱伴有失眠，可使用助眠药物，如艾司唑仑。艾司唑仑适用于各种类型的失眠，但孕妇、哺乳期妇女禁用，肝肾功能损害者慎用。它可能会引起口干、嗜睡、头昏、乏力等不良反应，大剂量使用可能会出现共济失调、震颤等。焦虑患者： 对于伴有明显焦虑情绪的患者，可使用抗焦虑药物，如帕罗西汀。帕罗西汀能有效改善焦虑症状，但儿童、孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝肾功能不全者需要谨慎使用。常见不良反应有口干、嗜睡、震颤、多汗、乏力等。
中药调理药物
逍遥丸： 由柴胡、当归、白芍、白术、茯苓等中药组成，具有疏肝健脾、养血调经的作用，可用于植物神经功能紊乱属肝郁脾虚证者。一般来说，口服，一次8丸，一日3次。不良反应较少见，但对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用。归脾丸： 由党参、白术、黄芪、茯苓、远志等中药组成，能益气补血、健脾养心，适用于心脾两虚、气血不足引起的植物神经功能紊乱。成人常用量为一次8 - 10丸，一日3次。孕妇慎用，外感或实热内盛者不宜服用。