自然流产后没流干净，应及时就医，医生一般会根据残留物的大小、位置等因素，选择合适的治疗方法，包括以下几种。
1.药物治疗：医生会开一些促进子宫收缩和淤血排出的药物，如益母草、新生化颗粒等。同时，还可能会使用抗生素预防感染。
2.清宫手术：如果残留物较大或药物治疗效果不佳，医生可能会建议进行清宫手术。清宫手术是一种较为常见的妇科手术，通过器械将子宫内的残留物清除干净。
3.其他治疗方法：在某些情况下，医生可能会尝试其他治疗方法，如宫腔镜下清宫术、子宫动脉栓塞术等。这些方法通常适用于特殊情况或存在其他并发症的患者。
需要注意的是，自然流产后没流干净可能会导致出血、感染、宫腔粘连等并发症，严重的甚至会影响以后的生育。因此，如果出现自然流产后没流干净的情况，应及时就医，遵循医生的建议进行治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免劳累和性生活，保持会阴部清洁卫生，加强营养，促进身体恢复。