治疗脑血栓并没有绝对最好的药，需根据发病时间等情况选择。一般在发病4.5小时内符合溶栓指征的患者，可考虑使用阿替普酶进行静脉溶栓治疗，这是目前较有效的恢复血流的措施之一。
溶栓类药物
阿替普酶： 是常用的溶栓药物，能通过激活体内纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓，从而恢复脑部血流。但使用有严格时间限制，通常要求发病4.5小时内的缺血性脑卒中患者，且需要排除禁忌症才能使用。尿激酶： 也可用于溶栓治疗，通过激活纤溶酶原发挥作用，使血栓溶解。不过同样有时间要求，一般在发病6小时内可考虑使用，但疗效等方面与阿替普酶有一定差异。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是常用的抗血小板药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集，预防血栓进一步形成。一般建议在缺血性脑卒中发病后尽早服用，但要注意有胃肠道出血等风险的患者需谨慎使用。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，作用机制与阿司匹林有所不同，可与阿司匹林联合使用，增强抗血小板效果。对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用，但同样要关注出血等不良反应。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞氧化损伤的作用，可用于改善急性脑梗死患者的神经功能缺损症状。一般是静脉滴注给药，在发病后尽早使用，有助于保护脑细胞，促进神经功能恢复。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，对脑血管病引起的神经系统后遗症有一定的治疗作用，能帮助受损的神经细胞恢复功能。