卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的卵巢囊肿，有一定的自行消失可能，可定期复查，观察囊肿变化情况，通常建议每3~6个月做一次超声检查。
观察随访情况
较小良性囊肿：对于直径小于5厘米，且超声提示为单纯性囊肿，没有分隔、乳头等异常情况，患者没有明显症状时，通常建议每3~6个月进行一次超声复查，观察囊肿大小变化。如果囊肿没有增大甚至缩小，那可能不需要特殊治疗。生理性囊肿：部分囊肿可能是生理性的，比如黄体囊肿，一般在月经干净后复查超声，很多会自行消失，这种情况定期观察即可。
手术治疗情况
囊肿较大或怀疑恶性：当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3~6个月，超声提示囊肿有分隔、乳头等可疑恶性的表现，或者患者出现腹痛、腹胀等症状时，通常需要考虑手术治疗。手术方式有多种，如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留卵巢功能的患者；还有患侧卵巢切除术，适用于年龄较大、无生育要求或囊肿性质较恶劣的情况。手术可以通过腹腔镜手术（微创）或开腹手术进行，腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~5天左右。
药物治疗情况
炎性囊肿：如果是炎性卵巢囊肿，可能会使用抗生素进行治疗。比如盆腔炎性疾病导致的炎性囊肿，会根据病情选用合适的抗生素，如头孢类联合甲硝唑等，一般需要规范使用抗生素1~2周左右，同时可以配合中药辅助治疗，促进炎症吸收。但药物治疗炎性囊肿时，要密切观察囊肿变化，如果药物治疗效果不佳，囊肿没有缩小甚至增大，可能还需要手术干预。