宫外孕主要是由于多种因素导致受精卵在子宫体腔以外着床，其中输卵管因素是最常见的原因，约占90%以上。比如输卵管炎症，包括输卵管黏膜炎和输卵管周围炎，黏膜炎严重时可引起管腔完全阻塞导致不孕，轻者管腔变窄或纤毛功能受损，就容易影响受精卵正常运行，使受精卵在输卵管内着床；输卵管手术史也是一个因素，比如曾做过输卵管绝育术、再通术等，术后输卵管结构或功能可能发生改变，增加宫外孕风险。
输卵管因素相关
输卵管炎症：输卵管黏膜炎严重时会造成管腔部分堵塞，影响受精卵通过。据统计，有过输卵管炎症病史的女性，宫外孕发生几率比无炎症者高很多。而输卵管周围炎多发生在输卵管的浆膜层或浆肌层，会造成输卵管周围粘连，输卵管扭曲，管腔狭窄，影响受精卵运行。输卵管手术史：比如曾经做过输卵管结扎术，之后又进行复通手术的女性，输卵管的结构和功能可能受到影响，使得受精卵在通过输卵管时容易受阻，从而增加宫外孕发生的可能。
受精卵游走因素
受精卵游走也可能导致宫外孕。正常情况下，受精卵会随着输卵管蠕动和纤毛推动向子宫方向移动，但如果受精卵游走速度过慢或受阻，就可能在输卵管内着床。比如一侧卵巢排卵后，受精卵经过宫腔或腹腔向对侧输卵管移动，由于移行时间过长，受精卵没有到达子宫腔就具备了着床能力，就会在输卵管内着床形成宫外孕。
其他因素
避孕失败：比如宫内节育器避孕失败时，发生宫外孕的几率会增加。这是因为宫内节育器可能影响受精卵在子宫腔的正常着床位置。另外，口服紧急避孕药失败的话，也可能导致宫外孕发生，紧急避孕药会影响激素水平，干扰受精卵的正常运行和着床。输卵管发育不良或功能异常：输卵管过长、肌层发育差、黏膜纤毛缺乏等发育不良情况，会影响受精卵的正常运行。而输卵管功能异常，比如蠕动功能异常等，也会使受精卵运行受阻，增加宫外孕风险。