HPV感染后大部分人没有明显症状，少部分人可能出现生殖器部位的异常表现。比如，女性感染高危型HPV，长期持续感染可能引发宫颈病变，但早期通常无症状。而低危型HPV感染可能会在生殖器周围出现疣状病变，像生殖器疣，可在感染后数周~数月发病，表现为外阴、阴道、宫颈或肛门周围出现单个或多个乳头状、菜花状、鸡冠状的赘生物。
皮肤低危型HPV感染症状
寻常疣：多发生在手部，表现为黄豆大小的丘疹，表面粗糙，质地坚硬，呈灰黄、棕黄或正常肤色。一般没有自觉症状，偶有压痛。跖疣：发生在足底，由于受压，表面粗糙不平，呈灰褐色或灰黄色胼胝样斑块或丘疹，周围绕以稍高的角质环，去除角质层后，其下方有疏松的角质软芯，可见毛细血管破裂出血而形成的小黑点。患者行走时可有压痛。
皮肤高危型HPV感染相关症状
鲍温样丘疹病：多见于青壮年，表现为多个或单个色素性丘疹，呈圆形、椭圆形或不规则形，直径2~10mm，颜色可呈肉色、红褐色、黑褐色或黑色。一般无自觉症状，部分患者有瘙痒感。外阴上皮内瘤变：主要症状为外阴瘙痒、烧灼感、色素沉着，可伴有皮肤破损、溃疡等。病变多发生在大小阴唇、会阴及肛周部位。
黏膜低危型HPV感染症状
生殖器疣（尖锐湿疣）：好发于生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区，初起为单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增多增大，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状。疣体表面易发生糜烂、渗液，并有破溃、出血和感染，伴有瘙痒。
黏膜高危型HPV感染相关症状
宫颈上皮内瘤变：多数患者无明显症状和体征，部分有白带增多、接触性出血等。随着病情发展，可能出现阴道不规则流血等症状，但这些症状也可能由其他妇科疾病引起，需通过宫颈筛查来确诊HPV感染及相关病变情况。