小便时龟头会有刺痛感，这可能是龟头炎、尿道炎、尿道结石等因素导致的，需及时就医检查和治疗，以避免引发严重并发症。
一、龟头炎：如果男性本身存在包皮过长或包茎问题，就容易藏污纳垢，进而可能诱发包皮龟头炎。由于炎症刺激，会致使龟头以及尿道口部位的黏膜或皮肤出现损伤。在排尿时，尿液会对这些损伤部位产生刺激，从而引起龟头刺痛，龟头局部还会伴有瘙痒等症状。针对这种情况，可使用红霉素软膏等药物进行治疗。
二、尿道炎：男性在日常生活中不注重下体卫生，或者有不洁性生活史，就可能使尿道黏膜发生炎症感染，导致尿道局部出现刺激损伤。在排尿时，就会导致龟头疼痛，通常还会伴有尿频、尿急、尿道烧灼感等表现。此时应在医生指导下选用敏感类的抗生素进行治疗，比如阿莫西林、阿奇霉素等。
三、尿道结石：在排尿过程中，由于结石的活动刺激造成黏膜损伤，会引发小便时龟头刺痛，可能还会伴有排尿困难、血尿等症状。当结石无法自行排出时，应当考虑进行激光碎石术。
总之，当出现小便时龟头刺痛的情况后，要重视起来，尽快明确原因，并采取相应的治疗措施。