肾结石手术后伴有小便疼痛是常见症状，原因包括泌尿道感染、结石残留尿道、留置双J管对尿道的刺激、手术本身导致的尿道黏膜损伤等。
一、泌尿道感染：这是术后常见并发症。原因如下：
1.肾结石手术后抵抗力较差；
2.结石排出的刺激。
其表现为小便疼痛，还可能有发热、腰痛、肉眼血尿等症状，检查尿常规可见白细胞明显升高，尿培养可发现病原体感染。治疗主要通过抗感染，常选药物包括头孢克肟、头孢地尼、左氧氟沙星、硫酸依替米星等。
二、结石残留尿道：
1.肾结石粉碎后很多情况并非全部取出，不少靠自身排石；
2.术后可能结石残留尿道难以排出，从而出现小便疼痛。
可增加饮水量帮助排石，或口服排石颗粒，若仍无法排出，可用膀胱镜取石。
三、留置双J管对尿道的刺激：
1.肾结石手术后常留置双J管引流尿液，一般术后2-4周拔除；
2.在拔除前可能刺激尿道导致小便疼痛。
对此疼痛可用吲哚美辛栓止痛，若实在无法耐受，可视情况提前拔除双J管。
四、尿道黏膜损伤：
1.目前肾结石手术多选择经尿道输尿管软镜碎石或经皮肾镜碎石术；
2.这两个手术可能在操作过程中损伤尿道黏膜，且术后短时间需留置导尿管，术后可能因此出现小便疼痛。
一般3-5天后明显好转，无需特别处理，若疼痛明显，可用吲哚美辛栓塞肛门缓解。
总之，患者在手术早期要多饮水，避免憋尿，适当减少活动，利于预防小便疼痛。