怀孕5周6天可以做B超，但通常不建议这么早做B超，可能无法清晰观察到孕囊。
一般在怀孕6-7周时做B超比较合适，此时不仅可以看到孕囊，还能看到胎芽和胎心搏动，从而确定是否为宫内妊娠以及胚胎的发育情况。如果没有异常情况，也可以在怀孕11-13周+6天做B超，测量胎儿颈项透明层厚度，评估胎儿患唐氏综合征的风险。
如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，也可以等到怀孕7-8周时再做B超。过早做B超，可能会因为孕囊太小，看不清或看不到，从而增加焦虑情绪。
需要注意的是，B超是一种安全的检查方法，但也不是必须的。如果没有特殊情况，医生可能会建议在合适的时间进行B超检查。如果对怀孕或B超检查有任何疑问，建议咨询医生。