女性尿道长息肉的原因目前尚不十分明确，可能与以下几方面因素有关。首先是慢性炎症刺激，比如女性尿道较短，容易受到细菌等病原体的侵袭，长期的慢性炎症反复刺激尿道黏膜，就可能导致黏膜增生形成息肉，有研究发现约30%左右的尿道息肉患者有长期尿道炎病史。
局部刺激因素
尿道损伤： 女性在性生活过程中如果过于剧烈，或者进行尿道器械检查等操作时，可能会造成尿道黏膜损伤，损伤后局部组织修复过程中如果出现异常增生，就容易形成息肉。比如有15%左右因尿道损伤后出现尿道息肉的情况。雌激素水平变化： 绝经后女性雌激素水平明显下降，尿道黏膜会发生萎缩，局部抵抗力降低，容易引发炎症等问题，进而增加尿道长息肉的风险。绝经后女性尿道息肉的发生率相对绝经前要高一些，大概高出2 - 3倍。
感染因素
细菌感染： 大肠杆菌等常见细菌感染尿道后，会持续刺激尿道组织。细菌产生的一些毒素等物质会影响尿道黏膜细胞的正常代谢，促使黏膜细胞异常增殖。据统计，约40%的尿道息肉患者存在尿道细菌感染情况，常见的感染菌以大肠杆菌为主。病毒感染： 某些病毒感染也可能与尿道息肉形成有关，比如人乳头瘤病毒（HPV）感染，虽然相对细菌感染来说比例较低，但也有研究发现约5% - 8%的尿道息肉患者存在HPV感染迹象，病毒感染会干扰尿道细胞的正常生长调控机制，导致息肉形成。
其他因素
遗传因素： 有一定的遗传易感性，如果家族中有尿道息肉病史，那么女性后代患尿道息肉的概率可能会比普通人群略高。虽然遗传因素导致尿道息肉的具体机制还不完全清楚，但相关研究发现遗传因素可能占10%左右的发病比例。不良生活习惯： 长期憋尿、不注意个人卫生等不良生活习惯也可能增加尿道长息肉的风险。长期憋尿会使尿液在尿道内停留时间延长，尿液中的有害物质对尿道黏膜的刺激持续存在；不注意个人卫生会让细菌等病原体更容易在尿道滋生，长期的不良刺激就可能引发尿道息肉。比如长期憋尿的女性，尿道息肉发生率比不憋尿的女性高出约20%。