做胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些危害。通常情况下，严重的危害发生概率较低，大约在0.1%~0.5%左右，但具体情况因人而异。
检查过程中的不适反应
咽部不适： 在插入胃镜时，可能会刺激咽部，导致患者出现恶心、呕吐、咽部疼痛等不适感觉，不过这种不适一般在检查后较短时间内就会缓解。腹部不适： 胃镜进入胃部时，可能会引起患者上腹部的胀痛感，尤其是对于那些胃肠蠕动功能较差或者比较紧张的患者来说，这种腹部不适可能会更明显一些。
可能出现的并发症
出血： 虽然发生概率很低，但在胃镜检查过程中，有可能因操作不当导致胃黏膜或食管黏膜损伤而引起出血。一般来说，这种少量的出血大多可以自行停止，但如果出血较多则需要进一步处理。穿孔： 这是较为严重的并发症，发生概率极低，通常在操作医生经验丰富且操作规范的情况下很少出现。但如果患者本身有胃部溃疡、肿瘤等病变，或者操作时动作过于粗暴，就有可能导致胃或食管穿孔，一旦发生穿孔需要立即进行手术治疗。
特殊人群的风险
老年人： 老年人往往伴有一些基础疾病，如高血压、冠心病等。在做胃镜检查时，可能会因为检查刺激导致血压波动、心率变化等情况。比如本身有冠心病的老人，可能会因为检查时的应激反应诱发心绞痛等心脏问题。儿童： 儿童做胃镜相对较少见，主要是因为儿童配合度较差。在做胃镜时需要进行麻醉等处理，而麻醉本身也存在一定风险，比如麻醉药物过敏等情况，而且儿童的胃肠道比较娇嫩，操作时更需要谨慎，避免造成不必要的损伤。