双阴茎畸形是一种较为罕见的先天性外生殖器畸形，治疗主要以手术为主，手术的目的是切除相对发育不良的阴茎，保留功能良好、外观较正常的阴茎，并进行尿道重建等。
手术时机选择
对于新生儿及婴幼儿时期发现双阴茎畸形的情况，需综合评估阴茎发育情况等多方面因素来确定手术时机。一般来说，若存在明显影响排尿、外观严重不对称且可能对患儿心理等产生不良影响等情况时，可考虑在合适的儿童外科手术时机进行评估后择期手术，但要充分考虑低龄儿童手术风险相对较高等因素。
对于儿童及成年患者，若双阴茎畸形影响正常的生理功能（如排尿、性交等）或造成明显心理负担，应尽早安排手术治疗。
手术方式
阴茎切除与保留：首先要明确哪一侧阴茎相对更具正常功能和较好外观，切除发育不良、功能差的阴茎。在切除过程中要注意避免损伤周围重要的血管、神经等结构。
尿道重建：由于双阴茎畸形往往可能伴随尿道畸形情况，在切除部分阴茎后，需要进行尿道重建，以恢复正常的排尿和性交功能。尿道重建可根据具体情况选择合适的尿道成形方法，如利用自身组织进行尿道修复等。
特殊人群注意事项
儿童患者：儿童身体处于生长发育阶段，手术过程中要特别精细操作，减少对周围组织的损伤，术后要密切观察伤口愈合情况、排尿功能恢复情况等。因为儿童心理发育还不成熟，术后可能面临外观改变带来的心理影响，需要家长和医护人员给予心理疏导和关注，帮助患儿正确面对自身身体状况变化。
成年患者：成年患者手术除了要考虑手术本身对生殖、排尿等功能的影响外，还要考虑对其性生活等方面的影响。术后要注意休息，避免剧烈运动影响伤口愈合，同时要关注患者的心理状态，因为成年患者对自身外观和功能的改变可能更为敏感，必要时可进行心理干预。
总之，双阴茎畸形的治疗主要依靠手术，具体的治疗方案需要由专业的泌尿外科等相关科室医生根据患者的具体情况进行全面评估后制定个体化的治疗计划。