毛囊炎可以使用的药膏类型较多，一般来说，细菌感染引起的毛囊炎常选用抗生素类药膏，比如莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，能有效抑制细菌感染引发的毛囊炎，一般药店均有销售，价格相对亲民，大概几元到十几元一支。真菌感染引起的毛囊炎则需用抗真菌药膏，像酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效。
抗生素类药膏
莫匹罗星软膏：主要针对金黄色葡萄球菌等革兰阳性球菌引起的毛囊炎。它通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥杀菌作用。一般局部外用，将药膏涂抹在患处，一天涂抹2 - 3次。需要注意的是，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。夫西地酸乳膏：对与皮肤感染有关的各种革兰阳性球菌尤其对葡萄球菌高度敏感，对耐药金黄色葡萄球菌也有效，对部分革兰阴性菌也有一定抗菌作用。用法也是局部外用，涂于患处，一日2 - 3次。使用时要避免接触眼睛、口、鼻等黏膜部位。
抗真菌类药膏
酮康唑乳膏：适用于由皮肤癣菌、酵母菌等真菌感染引起的毛囊炎。它能干扰真菌细胞色素P - 450的活性，抑制真菌细胞膜麦角固醇的生物合成，影响真菌的代谢过程。使用时取适量本品涂于患处，从症状消失后还应继续用药10天，以防复发。孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。特比萘芬乳膏：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯的堆积，导致真菌细胞死亡，从而发挥抗真菌作用。外用，一日1次，涂抹患处，并轻揉片刻。对特比萘芬或乳膏中其他成分过敏者禁用。
其他类药膏
鱼石脂软膏：有温和的刺激性消炎防腐作用，可促使患处炎症消退。用于疖肿，对于毛囊炎早期有红肿疼痛时也可使用。外用，一日2次，涂于患处。使用时需注意，不得用于皮肤破溃处，避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等）。水杨酸软膏：具有角质溶解作用，能促进表皮角质层脱落，改善毛囊口堵塞的情况，对一些伴有角化过度的毛囊炎有一定帮助。外用，一日1 - 2次，局部涂于患处。大面积使用时应避免接触眼睛和其他黏膜，也不宜长期使用。