生化妊娠和宫外孕可以从以下方面分辨：首先，血hCG数值变化不同。生化妊娠时，血hCG一般会小于200IU/L，而且隔天复查血hCG不翻倍或者下降；而宫外孕时，血hCG数值上升缓慢，通常48小时内血hCG升高幅度小于50%。
临床表现差异
生化妊娠： 多数人没有明显腹痛，可能和来月经差不多，有些女性可能仅觉得这次月经稍推迟、经量稍多。宫外孕： 常见症状是停经后出现腹痛，一开始可能是一侧下腹部隐痛或酸胀感，如果宫外孕发生破裂，会出现一侧下腹部撕裂样疼痛，同时可能伴有阴道少量流血。
B超检查表现
生化妊娠： B超检查子宫内看不到妊娠囊，宫外也没有异常包块。宫外孕： B超检查在宫腔内找不到妊娠囊，而在子宫外，比如输卵管等部位能看到异常的包块。
发生机制区别
生化妊娠： 主要是受精卵着床失败，虽然精子和卵子结合形成了受精卵，但受精卵没有成功在子宫着床，血hCG有升高，但很快又下降。宫外孕： 是受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育，最常见的是输卵管妊娠，由于输卵管管腔狭窄等原因，受精卵不能正常输送到子宫，就在输卵管处着床生长。