连翘败毒丸是一种常见的中成药，目前关于其明确的严重副作用报道较少，但在使用时仍可能存在一些情况。一般来说，正常按照医嘱服用时副作用相对较少，但部分人可能出现以下情况。
胃肠道方面的可能反应
消化道不适： 个别患者在服用连翘败毒丸后可能出现胃肠道不适，比如恶心，有的可能表现为服用后觉得胃部有不适感；还有可能出现呕吐症状，少数人服药后会有呕吐的情况；另外，也有患者会出现腹痛，服用药物后感觉腹部疼痛。通常这些胃肠道反应相对较轻，一般在停药后可逐渐缓解。
皮肤过敏相关情况
皮肤瘙痒： 有极个别人群在服用连翘败毒丸后可能出现皮肤瘙痒的症状，皮肤会有瘙痒感，搔抓后可能出现皮肤发红等表现；皮疹： 极少数人可能引发皮疹，皮肤表面出现红色的小疹块，可能伴有瘙痒等不适。如果出现皮肤过敏相关症状，应立即停药并及时就医。
特殊人群需注意的情况
孕妇： 孕妇属于特殊人群，一般不建议服用连翘败毒丸，因为目前虽然没有确切数据表明一定会对孕妇和胎儿造成严重不良影响，但为了安全起见，孕妇服用可能存在潜在风险，需避免使用；过敏体质者： 本身是过敏体质的人服用连翘败毒丸时要格外谨慎，因为过敏体质者相对更容易发生药物过敏反应，服用后出现不良反应的概率可能较常人高，所以过敏体质者在使用前应咨询医生，在医生评估后再决定是否服用。