射精后肾疼的原因包括肾虚、精囊炎、肾结石等。
一、肾虚：如果患者长期有手淫行为，致使肾精不足，进而引发肾虚，这便会造成患者射精后肾疼的情况出现，同时还伴有健忘、腰膝酸软、乏力、性功能降低等表现。对于此类患者，可在医生指导下应用河车大造丸、金匮肾气丸等中成药进行治疗。其中河车大造丸，主要成分为紫河车、熟地黄、天冬、麦冬、杜仲等，具有滋阴清热、补肾益肺的功效；金匮肾气丸，包含地黄、山药、山茱萸、茯苓等成分，能起到温补肾阳、化气行水的作用。
二、精囊炎：通常是由大肠埃希菌、克雷伯产气杆菌、变形杆菌等细菌感染所导致，在射精时会牵拉腰部神经，从而引起肾疼症状。患者可遵医嘱使用左氧氟沙星、环丙沙星等抗生素药物来进行治疗。左氧氟沙星，具有广谱抗菌作用；环丙沙星，对多种细菌有较好的杀灭效果。
三、肾结石：指的是晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏，射精会促使肾结石活动，对肾脏形成刺激进而引发疼痛症状。患者可考虑进行体外冲击波碎石手术治疗。
建议患者要培养良好的生活方式，戒掉自慰习惯，保证充足的睡眠，避免过度劳累。
总结：射精后肾疼可能由多种原因引起，肾虚、精囊炎、肾结石是常见因素，针对不同病因需采取相应的治疗措施，同时患者也要注意生活习惯的调整。